Egy kezdetben eredményesnek bizonyuló terápia egy idő után elveszítheti hatásosságát, emiatt az emlőtumor vagy annak áttéte a kezelések ellenére újra növekedni kezdhet, illetve újabb gócok jelenhetnek meg.
A jelenség fő magyarázata, hogy az emlődaganatok és azok áttétei nem egyféle daganatsejtből állnak, hanem egymástól nagyon különböző ráksejtek halmaza alkotja a tumortömeget. A hatékony kezelések ugyan kezdetben látványosan csökkenteni tudják a tumor méretét, a gócok számát, ám a gyógyszerek nem hatnak a daganatban található minden egyes ráksejtre, emiatt lehetnek olyan daganatsejtek, amelyek túlélik a kezeléseket. Ezekben az esetekben ugyan a CT vagy MRI felvételeken az látszik, hogy a tumor zsugorodik, de egyes ráksejtek tovább tudnak élni, szaporodni. Ha ezek a túlélő, a terápiának ellenálló ráksejtek többségbe kerülnek, az adott kezelés már hatástalanná válik.
A másik fő ok: a daganatsejtek osztódásuk, szaporodásuk közben is változnak, alkalmazkodnak a környezetükhöz. Ha a kezelés az egyik jelátviteli útvonalat blokkolja, nem engedi, hogy azon keresztül szaporodjon a ráksejt, a daganatsejtek megpróbálnak más útvonalon tovább osztódni. A betegség előrehaladásával egyre többféle genetikai adottságokkal rendelkező, egymástól egyre jobban különböző daganatsejtek találhatók egy tumorban, illetve keringenek a szervezetben, emiatt egyre nehezebb olyan terápiát találni, ami a lehető legtöbb daganatsejt ellen hatásos lehet. A ráksejtek változékonysága és alkalmazkodóképessége miatt tartják indokoltnak sok esetben, hogy ne csak a kezdeti szövettanra alapozzák a kezeléseket, hanem az emlőrák áttétes elváltozásaiból is mintát vegyenek, meghatározzák azok molekuláris jellemzőit, összehasonlítsák az eredeti tumor ezen jellemzőivel.
A jelenséget – a daganat terápiákkal szembeni ellenállását – azzal próbálják kiküszöbölni, illetve elodázni, hogy egyszerre több támadásponton ható gyógyszereket adnak, gyakran pedig kombinációkban alkalmazzák a gyógyszereket, hogy minél több ponton gátolják a betegséget. Ha van rá lehetőség, a rezisztencia kialakulása, illetve az azzal összefüggő rosszabbodás esetén gyógyszerváltással próbálnak új támadáspontokat megcélozni, hogy a korábbi terápiának ellenálló ráksejtek szaporodását továbbra is fékezni lehessen.