Előre nem lehet biztosan megjósolni, hogy jelentkeznek-e utólag nem kívánt hatások, az aneszteziológus szakorvos a tapasztalatai alapján a műtét előtti konzultáció idején személyre szóló tájékoztatást tud adni a legvalószínűbb mellékhatásokról.

A műtétet követő ébredés után az altatással összefüggő leggyakoribb mellékhatások: torokszárazság, torokfájás, átmeneti zavartság, szédülés, remegés, hidegrázás, hányinger, hányás, fejfájás, hátfájás, izomfájdalom, bőrviszketés, vénagyulladás. A betegek a legnehezebben a hányingert és a hányást tolerálják, s ennek legnagyobb a szövődményt okozó kockázata is: egy frissen műtött betegnél az önkéntelen erőlködés, öklendezés növeli a sebszétválás, a varratelégtelenség kockázatát, ezért gyógyszerekkel igyekeznek enyhíteni, megszüntetni a hányingert. A műtét alatt és az operáció után alkalmazott erős fájdalomcsillapítók mellékhatása is lehet hányinger, továbbá székrekedés. Ugyanakkor kifejezetten az altatással összefüggő súlyos szövődmények még a rossz általános állapotú betegeknél is ritkák. Az altatással – tehát nem magával a sebészi beavatkozással – összefüggő mellékhatások az esetek többségében nem súlyosak, átmenetiek és jól kezelhetők.